بات تحقيق السلام في منبر جوبا قاب قوسين او أدنى من خلال التوقيع على اغلب مسارات التفاوض، مما قاد الي ارتفاع تطلعات قطاعات واسعة من الشعب السوداني بطي صفحة الحرب وإنهاء الخلافات والاتجاه للمستقبل. وتم في منبر جوبا حسم قضايا كثيرة على طاولة التفاوض تتصل بمعالجة جذور المشكله السودانية تاريخا ومستقبلا. إلا إنه ورغم حسم نحو ٨٥٪ من القضايا هناك تساؤلات عديدة عن إمكانية تجاوز القضايا المثيرة للجدل خاصة ما يعرف بقضية فصل الدين عن الدولة او علمانية الدولة ومعلوم ان الوثيقة الدستورية لم تتحدث عن هذه المسألة، الأمر الذي يوضح ان هناك فرصة ومساحة من النقاش والحوار بين مختلف المكونات السياسية والمجتمعية في السودان بالتوافق على رؤية مشتركة تقود الي سلام شامل وعادل ومستدام في البلاد. وفي هذا الخصوص يطرح مراقبون وخبراء مقترحات من شأنها ان تساعد في معالجة مثل هذه القضايا َخاصة قضية العلمانية وذلك من خلال العودة للقانون الجنائي في دستور السودان لسنة ١٩٧٤ م، الذي يتحدث عن حقوق السودانين قبل تعديله بقوانين سبتمبر الاسلامية. وقال الخبير القانوني عوض جبريل ان منح بعض المناطق خصوصية في التشريع وسن قوانينها الخاصة يعتبر حلا للمشكلة ويساعد في عملية الاستقرار. ورأي ان حسم القضايا الخلافية والجدلية في المؤتمر الدستوري مثل قضية العلمانية يعد حلا توافقيا يرضى كل السودانيين. وأبان جبريل أن الخروج من حدة الخلاف حول مثل هذه القضايا مسار الجدل مثل العلمانية وغيرها، يمكن أن يتم حسم عبر طرحها للاستفتاء.
